由于广西地处中国与东盟经济圈的几何中心地带，是衔接两大经济区域的结合部，是中国通往东盟最便捷的国际大通道，因而广西农产品加工业在不断转化历史机遇为现实生产力的同时，也经历了诸多现实的挑战乃至冲击。
中国—东盟经济贸易的自由化首先是从农产品突破的。2002年11月4日，中国与东盟签署了农业合作谅解备忘录，从2003年10月1日起，在中国—东盟自由贸易框架下提前实现了中泰之间蔬菜和水果的零关税，明年1月1日中国—东盟自贸区又将如期建成。届时，中国与东盟国家90%的贸易产品将实现零关税，并将实质性地开放服务贸易市场。
随着中国与东盟的贸易合作不断取得突破，广西农产品加工业的发展环境迎来了许多新变化。在这个背景下，农业部和广西相关部门联合成立了广西农产品加工发展战略课题研究组，课题组副组长、农业部农产品加工局副局长欧阳海洪认为——
目前至2020年甚至更长一段时间，广西农产品加工业将始终处于发展的战略机遇期
课题组在多次调研的基础上，认为广西必须走“优势资源转化”和“高新技术开发”的路子，提出以下几种产业应该作为广西农产品加工业发展的战略重点。
蔗糖加工业。广西是全球最适宜种植甘蔗的地区之一，是我国的糖料蔗优势产区。甘蔗单产、糖分已超古巴、澳大利亚，达到巴西等产糖大国水平，总产糖量位居世界十大产糖区之列。今后原料蔗要向良种化、规模化发展，蔗糖加工要向深加工发展。
现代中药加工业。广西有中药基源4623种，居全国第二位。2007年，全区中药产值67.21亿元，在全国排第八位。要加强民族医药资源开发，药企要向中药跨国企业集团方向发展。
水产畜牧加工业。广西在水产品加工和种苗培育的技术与东盟国家相比占有优势，但在养殖成本方面处于劣势。广西应该培育大型水产畜禽加工业，企业质量要全部达到欧盟和美国HACCP认证标准，做到“人多我优”。
粮油加工业。今后要重点发展各类专用产品和营养、经济、方便食品。小麦粉生产能力稳定在500万吨左右，营养、专用粉产量达到总产量的50％以上；食用油产能稳定在400万吨左右；玉米深加工根据市场需求情况，加大谷氨酸、变性淀粉、有机醇、玉米油等产品的开发力度。到2015年，重点培育年销售收入1亿元以上龙头企业20个，10亿元以上3个。
但是，应该看到广西的农产品加工水平在全国还处于相对落后位置，单从规模以上农产品加工企业实现的工业总产值比较，2008年广西是1200多亿元，而山东2006年就突破了万亿元大关，浙江、江苏也逼近万亿元——
科技问题是目前广西农产品加工业产业升级难以逾越的最突出问题
自主研发能力不强。广西农产品加工企业98%以上为中小型企业，技术落后于时代、产品落后于市场的现象比较突出。
生产标准化程度低，一部分农产品加工企业生产加工没有形成标准化的管理。由于广西农产品标准不完善、不配套，标准的科技含量不高，对国际标准缺乏研究和利用，制订和实施的标准采用国际标准少，与市场需求尤其是国际市场还存在差距。“卖自己的货，贴别人的牌”的现象比较普遍。
服务手段不足。农产品加工制成品许多都是食品，欧盟、日本、美国对食品进口检验十分严格，检测项目有的多达200多个，广西目前的食品检测设备落后，许多项目必须拿到外地检测，企业付出的检测成本高，耽误的时间长。还有一些检测项目不能与国际接轨，一些食品在广西检测合格，在国外检测却遭到否决。同时，农产品加工专业性公共技术服务滞后，仓储、冷链等基础设施条件差，信息不畅，对国际上技术、标准、市场变动反应迟缓等。
课题组成员、农业部农村经济研究中心副研究员龙文军认为农产品加工业是朝阳产业，眼下需要继续系统的政策支持。政策的体系化，是发达国家和国内先进地区发展农产品加工业的普遍经验——
努力构建支持广西农产品加工业大发展的新的政策体系，打造新的产业支持平台
龙文军认为，金融政策要普惠、税收政策要倾斜、贸易政策要积极、要素政策要宽松。具体可分为十类：
建立财政扶持体系。中国—东盟自由贸易区的政策对广西的部分传统产业有一定的冲击，加大对广西传统农业产业发展的财政扶持力度非常必要。财政部门要对走出去开拓市场、利用国外资源的农产品加工企业给予必要的补贴，对优势农产品加工企业购买核心设备予以补贴；通过财政贴息、投资参股等形式扶持重点龙头骨干企业的技术改造和专业原料基地的建设；鼓励农民个人或各类农民合作组织在主要农产品产地创办以吸纳当地农民就业为主的农产品加工企业，由财政给予投资额适当比例的补贴；对农产品加工企业淘汰落后产能，运用节能减排技术、资源的循环利用技术和设备给予补贴。
建立税费减免长效机制。在当前受金融危机的影响，许多农产品价格下降幅度较大，企业亏损严重的情况下，目前的税赋政策使企业运营更为困难。企业每年所要交纳的土地使用费、设备检查费、出口商品检验费、劳工健康检查费用等也都非常高。要加快农产品加工业的增值税改革，扩大企业所得税、营业税的税收优惠力度。
建立金融扶持体系。要积极探索，切实解决收购资金贷款难的问题。政策性银行还要加大对农产品加工企业信贷的支持力度。要聚合生产要素，引导多元化投资兴办农产品加工龙头企业。
加快开展政策性农业保险试点。要优先探索“政府＋龙头企业＋农户＋农业保险机构”的农业保险运作模式，充分发挥农业保险的“社会稳定器”的作用，既能稳固农业产业化龙头企业的原料基地，又能促进农民稳定增收和社会和谐稳定。
出台用地倾斜政策。比如，在符合土地利用总体规划的前提下，优先安排农产品加工企业用地；村镇、旧城改造中盘活存量国有土地、新征集体非农建设用地使用收入用于农产品加工工业小区开发和建设；允许将搬到工业小区的农产品加工企业原厂区土地出让金地方留成部分返还给企业；对在小城镇工业小区投资兴办的农产品加工企业，3年内免征城镇建设配套费等。
建设农产品加工研发体系。要对部分产学研结合机制好的重点农产品加工业研发中心进行确认，每年投资补助建设1－2个研发中心。
健全营销支持体系。鼓励和支持农产品加工制品的运销中介组织，对从事优势农产品加工、销售的农业产业化龙头企业参加国际展览、展销会，开展名牌产品的宣传等推荐活动提供补贴。清理并减免农产品生产、加工、储运和交易等环节的收费规定，重点对冷库、保鲜库、批发交易市场、物流配送中心等给予投资补助。
支持农产品加工业品牌建设。在巩固、发展、壮大现有品牌的基础上，从县到市、到区都要创建一大批优质产品和品牌产品。对自治区主导产业获得国家原产地产品标识（包括原产地地域保护）或国家集体证明商标的，给予注册单位的农产品加工龙头企业奖励性补助投资。
加快广西的国家储备糖体系建设。国家可以考虑在广西建立国家糖储备体系，利用现有的制糖企业的加工和仓储能力，进行升级改造。同时，推进在郑州商品交易所设立糖的期货品种，利用期货手段，规避市场风险，减轻储备压力。
建设行业协会自律体系。鼓励广西相当类型的农产品加工企业之间组建行业协会，允许行业协会、专业合作申报国家有关项目。支持行业协会和出口企业积极应对国外反倾销、反补贴及其他限制性措施，维护和保护农民和企业的合法权益。
